1세대 1주택 장기보유특별공제 — 보유만 길다고 최대 80%가 아닙니다

표1과 표2 — 적용 기준부터 다릅니다

장기보유특별공제는 소득세법 제95조에 근거하며, 적용 대상에 따라 두 개의 공제율표로 나뉩니다. 표1(일반 공제율)은 다주택자가 보유한 주택, 또는 1세대 1주택이라도 거주기간 요건을 채우지 못한 경우에 적용됩니다. 보유기간을 기준으로 3년 이상부터 매년 2%씩 늘어나 15년 이상이면 30%가 최대치입니다. 거주 여부와 관계없이 보유기간만으로 계산되는 표입니다.

표2(우대 공제율) — 1세대 1주택이면서 2년 이상 거주해야 열립니다

반면 표2(우대 공제율)는 양도일 현재 1세대 1주택이고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 경우에만 적용됩니다. 이 표는 보유기간과 거주기간을 각각 별도로 계산합니다 — 보유기간 1년마다 4%p씩 최대 10년(40%)까지, 거주기간도 1년마다 4%p씩 최대 10년(40%)까지 쌓여 합산 최대 80%가 됩니다. 15년을 보유하고 그중 10년을 거주했다면 보유기간 공제율 40%(10년 상한 적용)와 거주기간 공제율 40%를 더해 80%가 나옵니다.

오래 살았어도 보유기간이 짧으면 공제율이 낮아집니다

표2는 보유기간과 거주기간을 따로 계산한다는 점을 놓치면 예상보다 낮은 공제율을 받게 됩니다. 예를 들어 상속이나 증여로 취득해 보유기간은 3년이지만 그 전부터 세대원으로 쭉 거주해 거주기간이 10년인 경우, 거주기간 공제율은 40%가 나와도 보유기간 공제율은 3년 기준 12%(4%×3)에 그쳐 합산 공제율은 52%로 떨어집니다. 반대로 보유기간은 길어도 실제 거주기간이 2년에 살짝 못 미치면 표2 자체가 적용되지 않고 표1(최대 30%)로 계산됩니다 — 공제율 차이가 절반 이상 나는 지점이라 거주기간 산정은 특히 꼼꼼히 확인해야 합니다.

왜 이 공제가 '고가주택'에서만 체감되나

1세대 1주택은 원칙적으로 양도가액 12억원까지 비과세이므로, 12억원 이하로 판 경우 장기보유특별공제 자체가 세금 계산에 등장하지 않습니다. 이 공제가 실제로 세금을 줄여주는 지점은 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택을 팔 때입니다. 이 경우 12억원 초과분에 해당하는 차익만 과세 대상이 되고, 그 과세 대상 차익에 대해서만 장기보유특별공제가 적용됩니다. 생애최초 취득세 감면처럼 '1세대 1주택' 판정 자체가 관건인 다른 제도와 마찬가지로, 여기서도 세대 구성과 주택 수 판정이 먼저 확정돼야 공제율 계산으로 넘어갈 수 있습니다.

다주택자가 1주택자가 된 경우 — 보유기간 기산일을 확인해야 합니다

2주택 이상을 보유하다 나머지를 처분해 1주택자가 된 경우, 표2의 보유기간을 취득일부터 볼지 1주택이 된 날부터 볼지에 따라 공제율이 달라질 수 있습니다. 이 기산일 판단은 시행 시기별로 세법 해석이 갈렸던 지점이라, 공시가격처럼 결정 시점이 곧 기한의 기준이 되는 다른 제도와 마찬가지로 취득·처분 이력을 정리해 개별 확인을 받는 편이 안전합니다.

사업용 자산의 장기보유특별공제와는 다른 제도입니다

장기보유특별공제라는 이름은 같아도, 가업상속공제처럼 자산을 일정 기간 유지해야 하는 사후관리 요건과는 별개의 제도입니다. 주택 양도소득세의 장기보유특별공제는 보유·거주 '기간'에 따라 공제율이 커지는 구조이고, 사업용 자산의 사후관리는 기간 중 조건을 어기면 공제 자체가 취소된다는 점이 다릅니다. 두 제도를 혼동해 서류를 준비하면 필요한 증빙을 놓칠 수 있습니다.

순서 정리 — 매도 전 확인할 것

첫째, 양도일 현재 1세대 1주택인지, 양도가액이 12억원을 넘는지 확인합니다. 둘째, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인지 주민등록 이력으로 확인합니다. 셋째, 거주요건을 채웠다면 표2(보유+거주 각 4%p, 합산 최대 80%)로, 못 채웠다면 표1(보유만, 최대 30%)로 계산합니다. 넷째, 다주택에서 1주택으로 전환된 이력이 있다면 보유기간 기산일을 별도로 확인합니다. 다섯째, 세부 계산은 매도 전 세무사 또는 홈택스 양도소득세 모의계산으로 검증합니다.

근거·확인 시점 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유특별공제액) 및 같은 법 시행령 별표1(공제율표). 표1은 보유기간 3년 이상부터 연 2%p씩 최대 15년 이상 30%, 표2(1세대 1주택, 보유 3년↑·거주 2년↑)는 보유기간·거주기간 각각 연 4%p씩 최대 10년(40%)으로 합산 최대 80%입니다. 1세대 1주택 비과세 기준은 양도가액 12억원입니다. 확인 시점은 2026년 9월이며, 개별 보유·거주 이력에 따른 정확한 공제율과 과세표준 계산은 국세청 홈택스 양도소득세 모의계산 또는 세무사를 통해 확인하시기 바랍니다.